根据合肥市、南京市统计局统计年鉴和合肥市、南京市第二次全国经济普查综合数据摘要为基础,以灰色系统理论中的灰色关联度理论为主要研究工具,以科技创新投入政策为研究主线,运用定量分析与定性分析相结合的方法,重点研究了合肥市与南京市的政府科学技术投入资金、企业科技活动筹集资金、企业R&D经费投入资金、政府扶持资金与企业专利申请数、新产品产值、企业利税总额和工业总产值之间的关联度,并将研究结果与南京市进行系统比较分析,对合肥市技术创新投入资金使用情况进行了综合分析,指出了合肥市技术创新投入政策存在的问题,提出了进一步提升合肥市科技创新能力的政策建议。