柑橘EST-SSR分子标记分析(英文)

对来源于甜橙(Citrus sinensis Osbeck)、枳壳(Poncirus trifoliata Raf.)和其他柑橘非冗余EST数据库的38 124条单一基因(Unigene)序列进行了简单重复序列SSRs(Simple Sequence Repeat)搜索,所分析的柑橘非冗余核酸序列总长23.29 Mb,从中获得了 8 218 条 SSR,其中包括单碱基重复 4 913 条(59.8%), 2 碱基重复 1 419 条(17.3%),3 碱基重复 1 709条(20.8%),4碱基重复114条(1.39%), 5碱基重复23条(0.28%), 6碱基重复40条(0.49%)。大约每2.8kb 长度的单一基因序列中即存在1个SSR, 即平均4.6个单一基因中存在1个SSR。随碱基重复单元(motif)的不同, SSR的最大长度在40–105之间,全部重复序列的平均长度为20.9 bp。各种SSR (1-,2-,3-,4-,5-,6-核苷酸重复)的发生频率在甜橙和枳壳间非常接近。其中单碱基重复序列是最丰富的重复单元,其次为3碱基重复。在所得的SSR的重复单元中,富含A碱基的重复单元的分布占据优势地位,出现的频率与密度均较高,而富含CG碱基的重复单元出现频率和密度较低。用25对EST-SSR引物对6个柑橘品种的多样性进行了PCR检测,结果表明,所有25对引物在6个柑橘品种间均扩增到多样性条带,证实通过柑橘EST数据库的发掘能够高效地筛选到基因水平的SSR标记。