推测187份玉米自交系基因组血统与分子亲缘关系(英文)

被引：39

作者：

谢传晓

张世煌

李明顺

李新海

郝转芳

白丽

张德贵

梁业红

机构：

[1] 国家基因资源与遗传改良重大科学工程中国农业科学院作物科学所

来源：

遗传学报 | 2007年 / 08期

关键词：

玉米; 遗传多样性; 亲缘关系; 连锁不平衡; 关联性分析;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q943 [植物细胞遗传学]; S513 [玉米（玉蜀黍）];

学科分类号：

071007 ; 090102 ;

摘要：

为提高育种效率以及开展重要 QTL 和关键基因关联性分析研究, 以 187 份生产上重要玉米自交系为材料, 以 70 个均匀分布于全基因组简单重复序列(SSR)基因座鉴定出的290个等位基因多态性为分析数据, 采用联合连锁位点与混合模型分析, 推测这些自交系的基因组血缘构成以及分子亲缘关系, 并分析了全基因连锁不平衡。当亚群数目 K=5 时, 导致似然值 P 明显下降, 亚群数据 K > 6 时, 似然值 P 没有明显上升, 表明群体结构的亚群数 K 最佳推测为 6。六个亚群分别为 PA、BSSS (含 Reid)、PB、兰卡斯特 (Lancaster)、旅大红骨 (旅大红骨及其衍生系)、四平头 (唐四平头及其衍生系)。亚群间的Kullback-Leibler 距离自 0.13 至 1.06 不等, 平均为 0.599, 各亚群间区分度较好。全基因组连锁不平衡(LD)分析表明: 与四平头种质类群内相比, 遗传基础宽泛种质的基因组内存在 LD"区块"(LD block)少且小, 对重要 QTLs 与基因的关联性分析可以避免假阳性。本研究群体结构与基因组构成分析数据为这些材料育种应用与改良提供了重要信息, 也为基于这些材料的关联性分析奠定了分析基础。

引用

页码：738 / 748

页数：11

共 7 条

[1] Grouping of accessions of Mexican races of maize revisited with SSR markers [J].

Reif, J. C. ;

Warburton, M. L. ;

Xia, X. C. ;

Hoisington, D. A. ;

Crossa, J. ;

Taba, S. ;

Muminovic, J. ;

Bohn, M. ;

Frisch, M. ;

Melchinger, A. E. .

THEORETICAL AND APPLIED GENETICS, 2006, 113 (02) :177-185

[2] Linkage disequilibrium in European elite maize germplasm investigated with SSRs [J].

Stich, B ;

Melchinger, AE ;

Frisch, M ;

Maurer, HP ;

Heckenberger, M ;

Reif, JC .

THEORETICAL AND APPLIED GENETICS, 2005, 111 (04) :723-730

[3]

Validation of Dwarf8 polymorphisms associated with flowering time in elite European inbred lines of maize （ Zea mays L.）[J] . Jeppe R. Andersen,Tobias Schrag,Albrecht E. Melchinger,Imad Zein,Thomas Lübberstedt.Theoretical and Applied Genetics . 2005 (2)

[4] Molecular marker diversity among current and historical maize inbreds [J].

Lu, H ;

Bernardo, R .

THEORETICAL AND APPLIED GENETICS, 2001, 103 (04) :613-617

[5]

Comparative analysis of genetic similarity among maize inbred lines detected by RFLPs, RAPDs, SSRs, and AFLPs[J] . I. Pejic,P. Ajmone-Marsan,M. Morgante,V. Kozumplick,P. Castiglioni,G. Taramino,M. Motto.TAG Theoretical and Applied Genetics . 1998 (8)

[6]

An evaluation of the utility of SSR loci as molecular markers in maize （Zea mays L.）: comparisons with data from RFLPS and pedigree[J] . J. S. C. Smith,E. C. L. Chin,H. Shu,O. S. Smith,S. J. Wall,M. L. Senior,S. E. Mitchell,S. Kresovich,J. Ziegle.TAG Theoretical and Applied Genetics . 1997 (1-2)

[7]

The origin of cornbelt maize: The isozyme evidence[J] . John Doebley,Jonathan D. Wendel,J. S. C. Smith,Charles W. Stuber,Major M. Goodman.Economic Botany . 1988 (1)

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