SARS冠状病毒PUMC01分离株的基因组序列分析

被引：6

作者：

邹柯

朱华

丁克越

王仲

刘勇

王婷

杨剑

魏国柱

周鑫峰

张文

于占霞

樊峥

彭晓忠

秦川

刘湘军

沈岩

倪安平

强伯勤

机构：

[1] NationalLaboratoryofMedicalMolecularBiology,InstituteofBasicMedicalSciences,CAMSandPUMC,Beijing,InstituteofExperimentalAnimal,CAMSandPUMC,Beijing,NationalLaboratoryofMedicalMolecularBiology,InstituteofBasicMedicalSciences,CAMSandPUMC,Beijing,PUMCHospital,C

来源：

中国医学科学院学报 | 2003年 / 05期

关键词：

严重急性呼吸综合征; 冠状病毒; 基因组;

D O I：

暂无

中图分类号：

R373 [人体病毒学（致病病毒）];

学科分类号：

100103 ; 100705 ;

摘要：

目的对北京协和医院分离的SARS冠状病毒(SARS-CoV)PUMC01株的基因组序列进行变异及系统发育分析。方法利用随机引物法构建SARS-CoV-PUMC01分离株的cDNA文库,随机挑选质粒克隆进行大规模测序,测序反应经过组装后获得全基因组序列(GenbankAccessionNo.,AY350750),对该序列与SARS-CoV的参考序列相比进行系统发育及变异分析。结果与参考序列(SARS-CoV-Tor2及SARS-CoV-Urbani)相比较,在SARS-CoV-PUMC01上共发现10个变异位点;与其他的17株SARS-CoV进行系统发育分析后发现,18株SARS-CoV分为两类,两类之间及每一类的各株病毒间具有不同的分化时间。结论了解不同地区SARS-CoV之间的系统发育关系,为系统了解不同SARS-CoV分离株之间的临床关系以及SARS-CoV的传播链提供了进化上的证据。

引用

页码：495 / 498

页数：4

共 10 条

[1]

Comparativefull-lengthgenomesequenceanalysisof 14SARScoronavirusiolatesandcommonmutationsassociatedwithputativeoriginsofinfection. RuanYJ,WeiCL,EeLA,etal. The Lancet . 2003

[2]

A novel coronavirus associated with severe acute respiratory syndrome. Ksiazek TG,Erdman D,Goldsmith CS,et al. The New England Journal of Medicine . 2003

[3]

Base-calling of automated sequencer traces using phred.I. Accuracy assessment. Ewing B,Hillier L,Wendl M C,et al. Genome Research . 1998

[4]

et aL The Genome sequence of the SARS-associatedcoronavirus. Marra MA,Jones SJ,Astell CR. Science . 2003

[5]

Characterization of a novel coronavirus associated with severe acute resp iratory syndrome. Rota P A,ObersteM S,Monroe S S,et al. Science . 2003

[6]

SARScoronavirusiolatesandcommonmutationsassociatedwithputativeoriginsofinfection. The Lancet . 2003

[7]

CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Thompson J D,Higgins D G,Gibson T J. Nucleic Acids Research . 1994

[8]

Consed: a graphical tool for sequence finishing. Gordon D,,Abajian C,,Green P. Genome Research . 1998

[9]

PHYLIP(PhylogenyInferencePack-age).Version3.6. FelsensteinJ. . 2001

[10]

Coronavirus as a possible cause of severe acute respiratory syndrome. Peiris JS,Lai ST,Poon LL,et al. The Lancet . 2003

← 1 →