基于LDA主题模型的功能性miRNA-mRNA调控模块识别

被引：4

作者：

张俊鹏 ^{[1
]}

贺建峰 ^{[2
]}

机构：

[1] 大理学院工程学院

[2] 昆明理工大学信息工程与自动化学院

来源：

数据采集与处理 | 2015年 / 30卷 / 01期

关键词：

LDA主题模型; miRNA; miRNA-mRNA调控模块; 上皮细胞-间充质细胞转型; K-means聚类;

D O I：

10.16337/j.1004-9037.2015.01.015

中图分类号：

Q522 [核糖（醣）核酸（RNA）]; TP391.4 [模式识别与装置];

学科分类号：

070307 [化学生物学]; 081102 [检测技术与自动化装置];

摘要：

借助mRNAs分析MicroRNAs(miRNAs)的研究已经用于阐述miRNAs调控机理,但是它们大部分的准确功能仍然处于未知状态。基于此,本文提出了一种基于LDA(Latent Dirichlet allocation)主题模型来识别特定生物条件下miRNAs和靶标mRNAs之间的调控模块。该模型首先利用Welch′s t-检验挖掘具有差异表达的miRNAs和mRNAs,然后采用折叠Gibbs抽样法进行参数估计。在上皮细胞-间充质细胞转型(Epithelial to Mesenchymal transition,EMT)数据集中的结果表明,所识别出的功能性miRNA-mRNA调控模块(FMRMs)能够构造不同生物条件下miRNAs与mRNAs之间的调控关系,从而为了解EMT生物过程和miRNA靶标治疗提供新的视角。与基于K-means聚类算法比较,LDA主题模型比K-means聚类在挖掘FMRMs上更加有效。

引用

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页码：155 / 163

页数：9

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