肠道菌群结构多样性初筛研究

被引：5

作者：

杜彩贺

周东蕊

肖飞

张仁敏

魏婷婷

胡芳

机构：

[1] 东南大学学习科学研究中心

来源：

南京晓庄学院学报 | 2010年 / 26卷 / 03期

关键词：

16S rDNA; PCR; 变性梯度凝胶电泳;

D O I：

暂无

中图分类号：

R378 [病原细菌];

学科分类号：

100103 ; 100705 ;

摘要：

目的:探讨研究肠道菌群结构的初筛方法,为进行有效、高质量的高通量测序奠定基础.方法:用粪便采样器采集健康儿童粪便进行粪便标本预处理后,采用酚—氯仿方法提取样本菌群基因组DNA,并进行16S rDNAV3区片段PCR扩增,扩增产物用变性梯度凝胶电泳法(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)检测分析.结果:采用该方法成功地扩增出16S rDNA V3区230bp的片段,经DGGE的方法可以比较出不同儿童粪便样本菌群结构的不同.结论:基于16S rDNA V3区的PCR-DGGE技术能够应用于研究肠道微生物多样性,对于肠道微生物的研究起到了初筛的作用.

引用

页码：67 / 70

页数：4

共 7 条

[1] 16S rRNA、23S rRNA及16S～23S rRNA基因在细菌分离与鉴定中的应用 [J].

李鹏 ;

马艳娇 ;

赵云 .

现代畜牧兽医, 2008, (07) :49-52

[2] 三种粪便总DNA提取方法的比较 [J].

申剑 ;

张宝让 ;

魏华 ;

庞小燕 ;

赵立平 .

中国微生态学杂志, 2008, (01) :28-30+35

[3] PCR反应条件的优化 [J].

袁长青 ;

李平 ;

李君文 .

中国公共卫生, 1999, (03) :77-78

[4]

精编分子生物学实验指南.[M].(美)F.M.奥斯伯等主编;马学军;舒跃龙等译校;.科学出版社.2005,

[5] Identification of oral bacterial species associated with halitosis [J].

Haraszthy, Violet I. ;

Zambon, Joseph J. ;

Sreenivasan, Prem K. ;

Zambon, Margaret M. ;

Gerber, Doralee ;

Rego, Rodrigo ;

Parker, Carol .

JOURNAL OF THE AMERICAN DENTAL ASSOCIATION, 2007, 138 (08) :1113-1120

[6]

Molecular biological methods for studying the gut microbiota: the EU human gut flora project.[J].M. Blaut;M.D. Collins;G. W. Welling;J. Doré;J. van Loo;W. de Vos.British Journal of Nutrition.2002, S2

[7] High and low annealing temperatures increase both specificity and yield in touchdown and stepdown PCR [J].

Hecker, KH ;

Roux, KH .

BIOTECHNIQUES, 1996, 20 (03) :478-+

← 1 →