由于同一物种不同种群的重要性不同、用于物种保护的资金有限以及保护与发展经济之间的矛盾 ,因此对于重要物种 (尤其是濒危种类以及农作物和驯化动物的野生近缘种 )需要确定保护什么以及保护哪儿。目前确定优先保护种群的方法主要有 3类 ,分别为基于遗传变异、基于遗传差异性和基于遗传贡献率的方法。基于遗传变异的方法主要是根据遗传变异程度 (尤其是等位基因多样性 )来确定优先保护的顺序 ,但忽略了种群之间的遗传差异性 ,这容易使得存在于遗传变异程度较低的种群中的特有等位基因得不到有效保护。而基于遗传差异性的方法(如确定进化显著单元 )则是从遗传分化程度的角度考虑优先性 ,即独特性越强的种群越具有保护价值。基于遗传贡献率的方法由于综合考虑了遗传多样性和差异性 ,最适合于确定哪些种群需要优先保护。我国开展此类研究十分必要。