粪便DNA抽提方法的比较研究

目的比较国际主要微生态实验室4种常用的核酸抽提方法获得的粪便 DNA 的质量。方法采用针对目的细菌(总细菌、类杆菌.普氏杆菌属组、双歧杆菌、肠杆菌科细菌及肠球菌)16s rDNA 的特异性引物及实时定量 PCR 方法,分析 QIAamp粪便 DNA 试剂盒法(QIA 法)、FastDNAKit 试剂盒法(Fast 法)、酚-氯仿-玻璃珠击打法(酚-氯仿-玻珠法)及 QIAampDNA 粪便试剂盒+玻璃珠击打法(QIA+玻珠法)4种方法抽提获得的10份人粪便 DNA 的质与量。结果通用引物特异性扩增粪便总 DNA,发现4/10份由酚-氯仿-玻珠法获得的粪便 DNA 中存在 PCR 抑制剂,过柱纯化后 PCR 抑制现象消失。实时定量 PCR 检测粪便总细菌量,以 QIA 法与 QIA+玻珠法获得的量最高(分别为12.16±0.18,12.05±0.48),而 Fast 法与酚-氯仿-玻珠法获得的粪便细菌量(分别为11.26±0.40,11.21±0.16)与 QIA 法相比显著低下(均 P<0.05)。采用 QIA 法(11.63±O.23,8.68±0.51)及 QIA+玻珠法(11.67±0.56,8.77±0.56)抽提获得的粪便类杆菌-普氏杆菌及肠杆菌科细菌的 DNA 量显著高于 Fast 法(10.67±0.47,7.39±0.51)及酚-氯仿-玻珠法(10.65±0.33,7.40±0.18)(均 P<0.05)。对于双歧杆菌,酚-氯仿-玻珠法获得的量显著低下。但对肠球菌而言,以 Fast法获得的量最高。结论实时定量 PCR 检测结果表明,QIA 法及 QIA+玻珠法获得的粪便 DNA 质与量总体上优于 Fast 法及酚-氯仿-玻珠法,但根据不同的目的细菌群对象可以选择不同的方法。