稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布

被引：17

作者：

李成云

李进斌

周晓罡

董爱荣

许明辉

机构：

[1] 云南省农业科学院生物技术研究所,云南省农业科学院植物保护研究所,云南省农业科学院生物技术研究所,云南省农业科学院生物技术研究所,云南省农业科学院生物技术研究所农业部南方高原农业生物技术重点实验室,云南昆明,云南昆明,农业部南方高原农业生物技术重点实验室,云南昆明,农业部南方高原农业生物技术重点实验室,云南昆明,农业部南方高原农业生物技术重点实验室,云南昆明

来源：

中国水稻科学 | 2004年 / 03期

关键词：

稻瘟病菌; 基因组; 微卫星序列; 频率; 分布; 遗传标记;

D O I：

10.16819/j.1001-7216.2004.03.016

中图分类号：

S435.11 [稻病虫害];

学科分类号：

090401 ; 090402 ;

摘要：

利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。

引用

页码：87 / 91

页数：5

共 2 条

[1] 稻瘟病菌两个陆稻菌株的致病性遗传研究 [J].

李成云 ;

沈瑛 ;

袁筱萍 ;

罗朝喜 ;

赵新华 .

中国农业科学, 1997, (04) :31-37

[2]

Abundant microsatellite polymorphism in Saccharomyces cerevisiae, and the different distributions of microsatellites in eight prokaryotes and S.cerevisiae, result from strong mutation pressures and a variety of selective forces. Field D, Wills C. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 1998

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