应用鱼类主要组织相容性复合体(MHC)基因来探讨鱼类种群间遗传结构,寻找分子遗传标记。根据已报道的鲤鱼MHCⅠ类基因序列,设计了一对特异性引物,从兴国红鲤、荷包红鲤、玻璃红鲤及瓯江彩鲤基因组DNA中扩增了编码MHCⅠ类分子α2链的基因片段,并进行克隆、测序。结果表明,(1)编码MHCⅠ类分子α2链的基因多态性较为丰富,234bp长度中有106个变异位点,多态位点百分率达45.3%;荷包红鲤的基因序列与其它3群体红鲤有显著差异;(2)由编码MHCⅠ类分子α2链的基因和氨基酸序列构建的系统进化树一致,兴国红鲤与瓯江彩鲤关系较近,属于同一进化支,玻璃红鲤和荷包红鲤分别属于另外两个不同的进化支,荷包红鲤是较为特化的群体;(3)多态性丰富的编码MHCⅠ类分子α2链的基因,适宜作为鲤鱼不同群体的分子遗传标记。