为了追求最大综合效益,长江流域必须实行流域综合管理。流域综合管理的基本含义有两个方面:①对本流域19个省市自治区的水事活动实行统一管理;②将行业和部门的涉水活动纳入流域综合管理的轨道。与这两个方面相联系的,是对流域控制性骨干水工程的综合管理,如对三峡工程的综合管理。长江流域的综合管理模式,就是“以流域管理为主导,以行政区域管理为基础”,“以行业部门管理为指导,以流域综合管理为主体”,流域、区域、行业三结合的管理模式。同时,将水管单位的管理纳入流域管理的轨道,建立“流域管理—区域管理—单位管理”3个层级密切结合的新型流域管理模式。