本文论述了中医药研究中系统论与还原论的关联关系。作者认为:21世纪生命科学研究需要在整体论、系统论指导下的还原分析,应融入非线性复杂性科学;中医药学是科学人文水乳交融的学科,他体现了中医学原创思惟、原创成就与原创的优势;组学的发展,带来了海量的数据,对海量数据的处理亟需系统论意义指导下的还原分析;中医从整体论的角度出发,从望闻问切对神色、形态、症状、体征信息的收集、观察,进一步分析证候,证候就是一种生理、病理的过程与状态。天地人、精气神,宏观朝向人的健康。同时,器官、组织、细胞、基因、蛋白、组学,各种微观的研究也朝向人的健康,朝向疾病的防治。关键问题是我们要寻求契合点。要重视系统论意义下的还原分析,特别强调还原论与系统论的互动。