建立了适用于发酵液、微生物/酶法氨基酸转化液、食品及血液样品中谷氨酰胺和谷氨酸分离分析的芴甲基氯甲酸酯(Fmoc-Cl)衍生、毛细管电泳方法。采用通过优化得到的最佳衍生条件,以扁桃酸为内标,0.1mol/L硼酸/硼砂缓冲液(pH8.0)为电泳缓冲液,在分离电压15kV下,于16min实现了内标、两种氨基酸的良好分离;谷氨酰胺和谷氨酸保留时间RSD分别为0.81%和1.14%,峰面积RSD分别为0.71%和0.79%;检测线分别为86μmol/L和169μmol/L。应用该法测定微生物转化液中谷氨酰胺和谷氨酸的加样回收率分别为96.7%~99.3%和95.9%~97.9%。