利用随机扩增多态DNA技术对紫海胆(Anthocidariscrassispina)、海刺猬(Glyptocidariscrenularis)、马粪海胆(Hemicentrotuspulcherrimus)、光棘球海胆(Strongylocentrotusnudus)和中间球海胆(Strongylocentrotusintermedius)等我国最主要的5种经济类海胆基因组DNA的多态性进行初步研究。经20个随机引物扩增,共得到377条扩增片段,片段长度为200~1600bp。根据片段的共享度计算出平均遗传距离并采用UPGMA和NJ两种聚类分析方法进行处理得到系统树。从聚类图可得知长海胆科与疣海胆科有较近的亲缘关系,球海胆科的光棘球海胆与中间球海胆有较近的亲缘关系,其次是马粪海胆。本研究还讨论了RAPD技术在海胆的遗传学研究中的广阔应用前景以及从分子生物学方法上为海胆传统分类方法提供科学依据。