双向凝胶电泳(2-DE)具有高分辨率、高通量等特点,已被广泛地用于蛋白质组的分离.但是它在分离疏水性蛋白质和碱性蛋白质时却遇到了极大的挑战.然而,疏水性与碱性蛋白质在全蛋白质中占相当大的比例,且具有很重要的生物学意义.因而,近年来,越来越多的研究者将目标瞄准这些蛋白质,并且取得了一些令人鼓舞的进展:用亚细胞预分离技术,顺序提取法等方法来富集疏水性蛋白质,用一些新的有效的增溶剂如硫脲,ASB-14等来改善疏水性蛋白质的溶解,应用这些技术2-DE可分辨出总平均疏水值达0.80的蛋白质;在碱性蛋白质分离方面,通过等电聚焦预处理,使用窄pH梯度胶条等大大地改善了碱性蛋白质在2-DE中的分离,能分辨出等电点达11.7的蛋白质.现对2-DE技术中疏水性和碱性蛋白质分离的研究进展进行综述.