目的研究丹参ITS片段遗传多样性,分析该片段在丹参药材DNA分子鉴别和鼠尾草属植物系统学研究中的意义。方法用一对引物进行PCR扩增,扩增产物纯化后用双脱氧终止法测序。结果获得核糖体DNA中ITS和5.8SrDNA完整序列,13个鼠尾草属植物ITS1与ITS2序列的长度分别为222~224bp、220~223bp。鼠尾草属植物种间ITS1序列差异百分率为0~12.16%,ITS2序列的差异百分率为0.5%~13.51%;丹参种内ITS1序列的差异百分率为0~0.9%,ITS2序列的差异百分率为0~0.5%;鼠尾草属各类群与外类群的差异百分率ITS1序列为16.07%~20.27%,ITS2序列为15.91%~20.27%。用邻接法(NJ)根据ITS1与ITS2序列数据建立系统发生树。结论两段序列在丹参种内保守,在属间有较大的差异,与外类群的差异最大,可作为中药丹参分子鉴定的标记,而鼠尾草属植物的系统发生关系尚须进一步研究。