锦葵科植物DNA条形码通用序列的筛选

被引：45

作者：

王柯 ^{[1
]}

陈科力 ^{[1
]}

刘震 ^{[1
]}

陈士林 ^{[2
]}

机构：

[1] 湖北中医药大学中药资源和中药复方教育部重点实验室

[2] 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所

来源：

植物学报 | 2011年 / 46卷 / 03期

关键词：

DNA条形码; 鉴定; ITS; ITS2; 锦葵科; psbA-trnH;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q949 [植物分类学（系统植物学）];

学科分类号：

071001 [植物学];

摘要：

对锦葵科植物样品的ITS、ITS2、rbcL、matK和psbA-trnH序列进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率、种内和种间变异的差异以及barcoding gap图,使用BLAST1和Nearest Distance方法评价不同序列的鉴定能力,进而从这些候选序列中筛选出较适合锦葵科植物鉴别的DNA条形码序列。结果表明,ITS序列在采集的锦葵科植物11个种26个样品中的扩增成功率较高,其种内、种间变异差异和barcoding gap较ITS2、psbA-trnH及rbcL序列具有更明显的优势,且纳入60个属316个种共1228个样品的网上数据后,其鉴定成功率可达89.9%。psbA-trnH序列的扩增和测序成功率最高,其鉴定成功率为63.2%,并能鉴别一些ITS序列无法鉴别的种。实验结果表明,ITS和psbA-trnH是较适合鉴别锦葵科植物的DNA条形码序列组合。

引用

页码：276 / 284

页数：9

共 15 条

[1]

忍冬科药用植物DNA条形码通用序列的筛选.[J].刘震;陈科力;罗焜;潘宏林;陈士林;.中国中药杂志.2010, 19

[2]

基于芸香科的植物通用DNA条形码研究 [J].