基于二分频率变换的序列相似性查询处理技术

被引：16

作者：

王国仁

葛健

徐恒宇

郑若石

机构：

[1] 东北大学信息科学与工程学院

来源：

软件学报 | 2006年 / 02期

关键词：

序列相似性查询; 范围查询; 编辑距离; 生物信息学;

D O I：

暂无

中图分类号：

TP311.13 [];

学科分类号：

摘要：

作为基因功能预测的主要手段,序列相似性查询技术是生物信息学领域的研究热点.基因序列和结构的相似性往往决定了基因功能的相似性,因此可以通过基因序列的相似性查找来预测新基因的功能.分析了MRS索引中频率变化和小波变换等相关技术,讨论了它们的缺点和不足,提出了一种基于二分频率变换2-PFT的序列相似性查询处理技术.首先,设计了二分频率变换和相应的距离函数,使得系统较之频率变换和小波变换具有更高的过滤能力,极大地提高了系统的性能;其次,解决了处理任意长度查询的问题.理论证明和实验结果均表明,2-PFT系统的性能远远优于MRS系统.

引用

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页数：10