Linux平台下EST序列分析系统的构建应用实例

被引：3

作者：

李校

江明锋

张义正

机构：

[1] 四川大学生命科学学院四川省分子生物学及生物技术重点实验室

[2] 四川大学生命科学学院四川省分子生物学及生物技术重点实验室成都

[3] 成都

来源：

四川大学学报(自然科学版) | 2005年 / 01期

关键词：

黄孢原毛平革菌; EST序列分析; 生物信息学; 基因预测; Linux操作系统;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q7-3 [];

学科分类号：

071010 ;

摘要：

利用抑制削减杂交和基因芯片技术获得一批黄孢原毛平革菌特异表达的EST序列,使用Phrap、EMBOSS、Blast、GENSCAN、MZEF软件,基于Linux操作系统,构建EST序列分析系统,完成了从EST和基因组Blast数据库的构建,载体序列的去除,EST序列的分类和组装,EST序列在基因组上的定位,外显子和内含子的识别以及基因预测.并通过使用perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化,从而可以快速地对大批EST序列进行分析,为克隆相关基因及研究黄孢原毛平革菌功能基因组学提供有用的信息.

引用

页码：153 / 157

页数：5

共 13 条

[1]

生物信息学方法与实践[M]. 科学出版社 , 张成岗,贺福初编著, 2002

[2] 序列同源性分析软件Blast的WEB界面构建及其应用附视频 [J].

张成岗 ;

张利达 ;

欧阳曙光 ;

张启发 ;

贺福初 .

生物化学与生物物理进展, 2001, (06) :916-918

[3]

Yeh R F,Lim L P,Burge C B. Genome Research . 2001

[4] 生物信息学在新基因全长cDNA序列分析及功能预测中的应用 [J].

张成岗 ;

贺福初 .

生物化学与生物物理进展, 2003, (01) :159-162

[5]

Altschul S F,Madden T L,Schaffer A A,et al. Nucleic Acids Research . 1997

[6]

Senger M,Flores T,Glatting K,et al. Bioinformatics . 1998

[7]

Stajich J E,Block D,Boulez K,et al. Genome Research . 2002

[8]

Notredame C,Higgins D G,Heringa J. J. Molecular Biology . 2000

[9]

Rice P,Longden I,Bleasby A. Trends in Genetics . 2000

[10]

Zhang M Q. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 1997

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