对中国红原鸡滇南亚种和海南亚种与我国茶花鸡、泰和鸡和寿光鸡等地方鸡种以及芦花鸡、洛岛红等外国鸡种进行了血型(3个位点、13个等位基因)、蛋白质(酶)多态(5个位点,11个等位基因)和DNA指纹分析,结果表明,红原鸡与茶花鸡(原始型品种)的亲缘关系较近;与泰和鸡、寿光鸡、芦花鸡、洛岛红(进化型品种)的亲缘关系较远,呈红原鸡-茶花鸡-泰和鸡、寿光鸡或芦花鸡、洛岛红这样一个进化阶梯。以上结果与国外资料(红原鸡不同群体和其它3种原鸡)比较显示,家鸡与红原鸡的亲缘关系最近,与绿原鸡的亲缘关系最远;而且我国的4个鸡种系统聚类为一个类群,而国外的不同原鸡聚类为另3个类群,提示中国地方鸡种可能有独立的血缘来源。