痢疾杆菌全基因组序列及基因组岛的分析

被引：14

作者：

刘红

杨帆

张笑冰

张继瑜

杨国威

董杰

薛颖

侯云德

袁正宏

闻玉梅

徐建国

陈洪松

马大龙

王宇

杨剑

沈岩

强伯勤

吴洪涛

贺秉坤

吕渭川

金奇

机构：

[1] 病毒基因工程国家重点实验室

[2] 复旦大学分子病毒学实验室

来源：

中国工程科学 | 2002年 / 10期

关键词：

福氏2a志贺菌301株; 全基因组序列测定; 痢疾岛; 毒力岛;

D O I：

暂无

中图分类号：

R378 [病原细菌];

学科分类号：

100103 ; 100705 ;

摘要：

福氏 2a志贺菌 (Shigellaflexneriserotype 2a)是引起人类细菌性痢疾的主要病原体。本文在国际上首次完成了福氏 2a志贺菌 30 1株 (Sf30 1) (我国细菌性痢疾的优势流行株 )的全基因组核苷酸序列测定和初步分析。该基因组包括一条由 4 6 0 72 0 3个碱基对 (bp)组成的环状染色体和一个含 2 2 16 18bp的侵袭性大质粒pCP30 1以及另外两个小质粒。通过将Sf30 1的染色体序列与其亲源关系相近的非致病性大肠杆菌K - 12菌株MG16 5 5进行比较基因组学研究 ,发现Sf30 1的染色体上有 5 72Kb特异性序列 ,并形成了 32 0个长度大于 5 0bp的“痢疾岛” (Shigella island ,SIs) ,其中大于 1Kb的共计 131个。这些岛共包含 5 19个开放读码框架 (OpenReadingFrames,ORFs) ,多数SIs的一侧或两侧均伴有插入序列元件、转座子或者tRNAs。G +C含量及密码子使用频率等分析显示出部分SIs的外源性。通过结构及ORF编码产物功能的分析 ,鉴别出 9个可能与痢疾杆菌致病性有关的“毒力岛” ,其中 7个可能的毒力岛为首次发现

引用

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