DNA序列中基于后继数组索引的SATR查找算法

被引：3

作者：

王镝

赵毅

陈白尘

王国仁

机构：

[1] 东北大学信息科学与工程学院

来源：

东北大学学报(自然科学版) | 2007年 / 02期

关键词：

DNA序列; 相似性重复片段; 片段相似度; SATR; 后继数组;

D O I：

暂无

中图分类号：

TP301 [理论、方法];

学科分类号：

081202 ;

摘要：

研究了基因序列分析中的DNA序列相似性重复片段的查找问题.在对重复片段的相似性衡量进行分析之后,基于海明距离提出了新的相似度衡量标准模式相似度和片段相似度,并在此基础上提出了一个新的相似性重复片段的定义SATR(segment-similarity based approximate tandem repeats).在进行SATR的查找时,采用了一个轻量级的索引后继数组,并设计出在后继数组上进行SATR查找的算法.实验评估和性能分析表明,基于后继数组的SATR查找算法在查找结果和查找时间上都要优于其他同类方法.

引用

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