甘蔗是遗传上最为复杂的作物,它主要是由热带种(2n=80)、割手密(2n=40-128)等种间杂交而来。甘蔗的染色体数很多,在100-130条之间。其中,有5-10%的染色体来自割手密,其余主要来自热带种。由于这种特殊性,人们曾经认为甘蔗不能象其它作物那样进行分子作图。近年来,由于一些主要产糖国联合投入巨资开展这方面的研究,现已取得一些突破性进展。本文简要叙述分子标记的主要原理、特点以及在作物遗传育种上的应用潜势,阐述分子标记在甘蔗上的研究进展,指出甘蔗分子标记研究存在的一些问题和今后的研究方向,并对今后进一步研究提出自己的设想。