扬子鳄有三种皮肤腺:背腺、泄殖腔麝腺和下颌腺。背腺位于背中线左右两侧第二行鳞片下方,其确切位置个体间差异很大,如表1。幼鳄背腺形态多种多样,但显示出是一种退化器官,未观察到腺开口,也未观察到半成鳄和成鳄的背腺,因此扬子鳄背腺可能不具功能。泄殖腔麝腺位于泄殖腔腹唇内,梨形,腺管开口于泄殖腔腹壁,成体腺腔很大,腺的底部壁较厚,腺细胞明显地分成若干小叶,其它部位壁较薄,小叶不明显,属全泌腺,分泌油脂物,繁殖期特别发达,但性未成熟个体亦具功能,是一种信息素下颌腺位于下颌后方两侧皮肤内,圆柱状,脉管开口于下颌腹侧皮肤表面,成体腺腔不规则,腺壁厚,从包囊到腺腔,腺细胞可明显地分成三个区,属全泌腺,分泌油脂物,在繁殖期特别发达,此腺到性成熟才具功能。