对云南省瑞丽、景洪、化念、元江、河口的桔小实蝇 5个地理种群共 2 7个个体的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ (COⅠ )基因进行了部分序列测定。序列的碱基变化中转换明显多于颠换、无碱基的插入和缺失。 5个地理种群中共有 2 7个多态位点和2 3种单倍型 ,其中 2种为共享单倍型。桔小实蝇 5个地理种群的Fst值在 0 0 36 4~ 0 136 4之间 (P >0 0 5 ) ,Nm值在 3 88~13 2 5之间。对其所有单倍型聚类分析发现 ,单倍型在系统树中的分布散乱、混杂 ,没有显示出明显的地理分布族群。分析认为 5个地理种群间已存有一定程度的遗传分化 ,但分化的程度还比较低。造成 5个种群这种遗传分化的因素主要与地理隔离有关 ,而种群间低程度的遗传分化估计与桔小实蝇在云南的发展历史及生态适应有关