系统生物学研究中不同组学数据的整合

被引:6
作者
刘伟 [1 ]
朱云平 [2 ]
贺福初 [2 ]
机构
[1] 国防科技大学机电工程与自动化学院
[2] 蛋白质组学国家重点实验室北京蛋白质组中心军事医学科学院放射与辐射医学研究所
关键词
转录组; 蛋白质组; 代谢组; 相关性; 整合;
D O I
10.13865/j.cnki.cjbmb.2007.12.005
中图分类号
Q-0 [生物科学的理论与方法];
学科分类号
07 ; 0710 ; 09 ;
摘要
高通量实验方法的发展导致大量基因组、转录组、代谢组等组学数据的出现,组学数据的整合为全面了解生物学系统提供了条件.但是,由于当前实验技术手段的限制,高通量组学数据大多存在系统偏差,数据类型和可靠程度也各不相同,这给组学数据的整合带来了困难.本文以转录组、蛋白质组和代谢组为重点,综述了近年来组学数据整合方面的研究进展,包括新的数据整合方法和分析平台.虽然现存的数据统计和网络分析的方法有助于发现不同组学数据之间的关联,但是生物学意义上的深层次的数据整合还有待于生物、数学、计算机等各种领域的全面发展.
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[2]   转录组与蛋白质组比较研究进展 [J].
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朱云平 ;
贺福初 .
生物化学与生物物理进展, 2005, (02) :99-105
[3]  
Global Survey of Organ and Organelle Protein Expression in Mouse: Combined Proteomic and Transcriptomic Profiling[J] . Thomas Kislinger,Brian Cox,Anitha Kannan,Clement Chung,Pingzhao Hu,Alexandr Ignatchenko,Michelle S. Scott,Anthony O. Gramolini,Quaid Morris,Michael T. Hallett,Janet Rossant,Timothy R. Hughes,Brendan Frey,Andrew Emili. &nbspCell . 2006 (1)
[4]  
The model organism as a system:integrating‘omics’data sets. Joyce A R,Palsson B O. Nature Reviews Molecular Cell Biology . 2006
[5]  
Correlation between proteinand mRNAabundance in yeast. Gygi S P,,Rochon Y,Franza B R,et al. Molecular and Cellular Biology . 1999
[6]  
Asampling of the yeastproteome. Futcher B,Latter GI,,Monardo P,et al. Molecular and Cellular Biology . 1999
[7]  
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[10]  
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