城市化进程中大量耕地的非农化转移是不可逆转的。农民作为弱势群体其利益的保护是必须关注的问题。现行的征地制度起源于计划经济时代,剥夺农民利益,进行工业化积累是无奈的选择,其中农民的利益损害是巨大的。从征地范围扩大化、产权制度不平等以及征地补偿不合理等方面,分析了征地过程中对农民利益的损害,并且全面论述了耕地价值的构成。以2000年耕地资源价值核算为例,量化土地资源价值量构成,表明现行征地补偿中所显化的耕地资源的经济价值只是其总价值中的一小部分平均,仅占到耕地总价的16%;耕地的社会保障价值和生态服务价值没有体现。从公平与效率角度出发,保护农民利益,提高土地利用效率是征地制度改革的原则和方向。