应用抗病品种是控制大豆孢囊线虫为害的经济有效的途径。调查线虫的生理小种的类型和分布,是选用抗源和进行抗病育种的科学依据。在东北地区已发现存在孢囊线虫的1号和3号生理小种。对孢囊线虫的抗源,主要是小黑豆和秣食豆品种,还有抗性较好的黄色种皮的农家品种,美国和日本利用小黑豆作抗源育成的黄色种皮的抗病改良品种则是直接可以利用的抗源。大豆—孢囊线虫相互作用的遗传学模式是:大豆的抗病性往往是隐性,而线虫的寄生性则表现为显性,了解这些特点可以更有成效她进行选育。用美国和日本的黄色种皮抗病的改良品种作抗源,进行品种间杂交;在我国优良的黄色种皮的感病品种中进行系统选育;或在引进的黄色种皮的抗病品种中向适应性好和农艺性状好的力向进行系统选育;这些都可以加快选育的速度。杂交后代从F2—F4连续接种连续选择,可以提高选择效果。花前挖根调查,将抗病单株座水移栽可以正常成活。不断发现新的线虫小种,不断筛选、不断挖掘新的抗源和抗病基因,是一项长期的任务。利用和转移秣食豆的抗病基因,是一个新的课题,可能会发现新的抗病基因系统,同时,在解决种皮颜色方面会比使用小黑豆的难度小一些。在解决所有上述这些问题时,不同学科、不同单位和地区之间的密切合作是完全必要的。