从进化的角度分析和综合多细胞动物、高等植物、原生动物、藻类和真菌的线粒体基因组的大小和各自的结构特点,并根据作者提出的重复序列与基因结构的起源和进化的模式与途径,得出线粒体通过内共生起源,也是从原始的线粒体基因组向小基因组和大基因组两种方向发展,并有着两种与核(类核)基因组的可比较的进化途径的结论。这两种进化途径能很好地说明不同类型的真核生物(特别是分别以动物和植物为代表)的线粒体基因组的结构差异和特点。本文还提出了一个关于重复序列、断裂基因(内含子)、核(类核)基因组、细胞器基因组的起源和进化的一般模式。