企业创新效率测量有多种方法,但研发资金投入处理上都按永续盘存法处理,本研究认为研发资金不适合永续盘存处理。按照技术创新、产品创新及市场创新构建三阶段共享投入模型,前两阶段采用DEAMalmquist指数测算创新效率,然后与第三阶段分别建立面板数据模型运用离差变换最小二乘法对创新效率的影响因素进行分解分析,结果发现外资企业、股份公司创新效率最高,国有、集体企业创新效率垫底。其中研发人力资源投入及购买国内技术对技术创新贡献最高,引进国外技术及技术改造对技术创新存在负相关。而且专利对企业产品创新贡献较低,专利并没有发挥较大作用,说明专利商业化应用较少且专利质量不高,并没有实现核心技术突破。