刺参消化道内含物细菌群落组成的PCR-DGGE分析

被引：42

作者：

高菲 ^{[1
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孙慧玲 ^{[1
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许强 ^{[2
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谭杰 ^{[1
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燕敬平 ^{[1
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王清印 ^{[1
]}

机构：

[1] 中国水产科学研究院黄海水产研究所

[2] 中国科学院海洋研究所

来源：

中国水产科学 | 2010年 / 17卷 / 04期

基金：

中国博士后科学基金;

关键词：

刺参; PCR-DGGE; 消化道内含物; 细菌群落;

D O I：

暂无

中图分类号：

S917.4 [水产动物学];

学科分类号：

090805 [渔业资源学];

摘要：

利用PCR-DGGE技术研究刺参(Apostichopus japonicus)前肠、中肠和后肠内含物的细菌群落组成。通过软件Bio-rad Quantity one分析DGGE指纹图谱,发现刺参后肠内含物的条带数目显著高于前肠和中肠(P=0.003,P=0.016),表明刺参后肠内含物的细菌多样性最高,其次是中肠;前肠内含物的细菌多样性最低。UPGMA聚类分析发现,不同刺参个体其后肠的细菌群落组成差异最小,前肠的细菌群落差异最大。经DGGE分离、条带切割和序列测定,共获得了13条序列,系统发育分析表明,刺参消化道内含物的细菌群落可主要归属于5大类群,即α-变形菌纲(α-proteobacteria)、γ-变形菌纲(γ-proteobacteria)、δ-变形菌纲(δ-proteobacteria)、拟杆菌纲(Bacteroidetes)和柔膜菌纲(Mollicutes)。刺参前肠、中肠和后肠内含物的优势菌群均为γ-proteobacteria。Blast分析显示,其中12条与之亲缘关系最近的序列来自从海洋环境中获得的细菌克隆,表明刺参消化道的细菌群落可能直接或间接来源于刺参的栖息地环境。

引用

页码：671 / 680

页数：10

共 18 条

[1]

对虾养殖环境微生物多样性分析和微生态制剂的研究与应用 [D].

李可 .

厦门大学,

2007

[2]

Vertical distribution of bacterial and archaeal communities along discrete layers of a deep-sea cold sediment sample at the East Pacific Rise (～13°N).[J].Youxun Li;Fuchao Li;Xiaowen Zhang;Song Qin;Zhigang Zeng;Hongyue Dang;Yunshan Qin.Extremophiles.2008, 4

[3]

Molecular characterisation of the intestinal microbiota of farmed Atlantic salmon ( Salmo salar L.).[J]..Aquaculture.2007, 1

[4]

Analysis of the composition of the bacterial community in puffer fish Takifugu obscurus.[J].Guimei Yang;Baolong Bao;Eric Peatman;Huirong Li;Lubiao Huang;Daming Ren.Aquaculture.2007, 2

[5]

Estimating prokaryotic diversity: When are 16S rDNA libraries large enough?.[J].Paul F. Kemp;Josephine Y. Aller.Limnology and Oceanography: Methods.2004, 4

[6]

Genetic diversity of attached bacteria in the hindgut of the deposit-feeding shrimp Neotrypaea (formerly Callianassa) californiensis (Decapoda: Thalassinidae) [J].

Lau, WWY ;

Jumars, PA ;

Armbrust, EV .

MICROBIAL ECOLOGY, 2002, 43 (04) :455-466

[7]

Bacterial community composition during two consecutive NE Monsoon periods in the Arabian Sea studied by denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) of rRNA genes.[J].Lasse Riemann;Grieg F. Steward;Laura B. Fandino;Lisa Campbell;Michael R. Landry;Farooq Azam.Deep-Sea Research Part II.1999, 8

[8]

La nutrition d'echinodermes abyssaux I. Alimentation des holothuries.[J].A. Khripounoff;M. Sibuet.Marine Biology.1980, 1

[9]

STRUCTURAL AND FUNCTIONAL PECULIARITIES OF THE DIGESTIVE-SYSTEM OF CUCUMARIA-FRONDOSA (ECHINODERMATA, HOLOTHUROIDEA) [J].

FILIMONOVA, GF ;

TOKIN, IB .

MARINE BIOLOGY, 1980, 60 (01) :9-16

[10]

海参增养殖.[M].隋锡林编著;.农业出版社.1990,

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