本研究建立了虾夷扇贝性腺、闭壳肌蛋白质双向电泳体系,比较分析了不同等电聚焦时间对虾夷扇贝性腺、闭壳肌蛋白质双向电泳结果的影响,进一步利用该双向电泳系统分离了性腺和闭壳肌可溶性全蛋白,并利用计算机图像分析软件对虾夷扇贝性腺和闭壳肌蛋白质双向电泳图谱进行了检测分析。实验结果表明,采用细胞超声破碎-丙酮沉淀除盐–50 mmol/L Tris-HCl(pH6.8)复溶,1000V,3 h等电聚焦,12%SDS-PAGE和高灵敏度银氨染色,可获得分辨率较高、重复性良好的双向电泳图谱。通过PDQuest8.0图像分析软件检测分析,发现pH5~8条件下,虾夷扇贝性腺和闭壳肌组织的蛋白质主要分布于pH5~7,相对分子质量97~20.1 ku范围,性腺组织双向电泳图谱检出的蛋白质斑点数为265个,闭壳肌组织检出161个蛋白质斑点。结果显示,虾夷扇贝性腺、闭壳肌可溶性蛋白质表达谱各具特点,性腺组织可溶性蛋白种类较闭壳肌组织丰富。本研究实验结果可为进一步研究扇贝蛋白质组学以及功能基因组学奠定一定的基础。