采用上海市1446份农民工调查数据,借鉴模糊集理论构建了农民工城市融入度指标,通过OLS回归和分位数回归方法,研究了新型农村合作医疗对农民工城市融入的影响。研究发现:新型农村合作医疗增强了农民工城乡迁移和城市融入的农村拉力和城市推力,从而显著降低了农民工城市融入度。且该影响存在马太效应,对于城市融入度比较高的农民工,新型农村合作医疗对农民工城市融入度没有显著影响;对于城市融入度比较低的农民工,新型农村合作医疗对农民工城市融入度有显著的负向影响。消除城乡二元体制下的医疗服务壁垒,增加农民工城市融入度,对我国促进农民工市民化,提高城镇化水平具有重要的政策意义。