通过对5460S和5460F这一对水稻等位突变系的AFLP分析,比较了AFLP与RAPD及RFLP检测DNA多态性的相对效率。结果表明,这3种分子标记的DNA多态性检出效率依次为AFLP>RAPD>RFLP;找出了水稻AFLP分析的最适反应条件;在这对等位突变系之间找到了一些多态性AFLP产物,已完成了对4个多态性AFLP产物的克隆,其中3个为单拷贝顺序;用这3个单拷贝克隆的混合物为探针,对作者自己构建的5460S水稻的BAC库进行了筛选,获得了12个阳性克隆,为今后BAC库的筛选打下了基础。此外,对上述3种分子标记各自的优缺点及它们在DNA多态性检测中的适用之处进行了分析探讨。