分别用三氯乙酸—丙酮沉淀和苯酚抽提两种方法,提取棉花胚珠和纤维总蛋白质,发现用三氯乙酸—丙酮沉淀法提取得到的蛋白质,获得率为2.3 mg.g-1,双向电泳后,用胶体考马斯亮蓝染色法染色后检测的蛋白质点数极少;银染色后,发现蛋白质点数没有明显的增加。而用苯酚抽提法得到的蛋白质获得率达到10.4 mg.g-1,是三氯乙酸-丙酮沉淀法的5倍,双向电泳后,用胶体考马斯亮蓝染色法染色后检测的蛋白质点数可以达到923个;银染色,可以检测到1061个蛋白质点。等电点pI从pH 3~10都有分布,但是集中在pH 4.3~8.6。结果表明:酚抽提法具有获得蛋白质种类更多、pI分布范围较宽,蛋白质容易溶解等优点,而且该方法操作简便,是适用于棉花胚珠和纤维的蛋白质组学研究的理想方法。