基因本体及其注释数据语义网模型

被引：5

作者：

黄钰 ^{[1
]}

许庆炜 ^{[1
]}

刘谦 ^{[1
]}

张国庆 ^{[2
]}

李亦学 ^{[2
]}

鲁强 ^{[1
]}

机构：

[1] 华中科技大学生物医学光子学教育部重点实验室

[2] 上海生物信息技术研究中心

来源：

科学通报 | 2007年 / 22期

关键词：

基因本体; 语义网; 本体映射; Oracle NDM;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q75 [分子遗传学];

学科分类号：

071007 [遗传学];

摘要：

目前基因本体在语义网研究领域还很滞后,无法提供复杂的语义查询和推理服务.本研究通过将异构的原始数据以统一的RDF(resource description framework)格式进行编写,建立跨基因子本体的语义映射,并在此基础上引入一系列的推理规则集,提出了一个RDF语义网模型——GORouter.进一步,通过选择OracleNDM(network datamodel)作为RDF容器,使得RDF语义推理结果能够与传统的关系型查询无缝结合在一起,最终为用户提供了一个基于GORouter的混合解决方案(http://www.scbit.org/gorouter/).

引用

页码：2618 / 2624

页数：7

共 7 条

[1]

Semantic search among heterogeneous biological databases based on gene ontology [J].

Cao, SL ;

Qin, L ;

He, WZ ;

Zhong, Y ;

Zhu, YY ;

Li, YX .

ACTA BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA SINICA, 2004, 36 (05) :365-370

[2]

The impact of Life Science Identifier on informatics data[J] Sean Martin;Moses M. Hohman;Ted Liefeld Drug Discovery Today 2005,

[3]

Learning to match ontologies on the Semantic Web.[J] AnHai Doan;Jayant Madhavan;Robin Dhamankar;Pedro Domingos;Alon Halevy VLDB J. 2003,

[4]

Dependence relationships between gene ontology terms based on TIGR gene product annotations Kumar A;Smith B;Borgelt C; Proceedings of the 3rd International Workshop on Computational Terminology 2004,

[5]

Ontologies in biology: Design;applications and future challenges Bard J B;Rhee S Y; Nat Rev Genet 2004,

[6]

A Platform for Semantic Web Storage and Analysis David Wood P G;Adams TKowari; Proc WWW 2005 2005,

[7]

From XML to RDF: How semantic web technologies will change the design of ‘omic’ standards Wang;X.;Gorlitsky;R.;Almeida;J; Nat Biotechnol 2005,

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