目的分析药用菊花遗传多样性,为其种质资源评价和合理开发利用提供分子佐证。方法用ISSR分子标记对不同采集地的31份种源(菊花29份、野菊1份、菊花脑1份)进行遗传关系分析。结果22个引物共扩增出182个条带,其中149条具有多态性,多态位点百分率为81.87%,有效等位基因数(Ne)为1.348 1,Nei's基因多样性指数(He)为0.219 1,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.345 1。聚类分析和主坐标分析结果相近,将31份种源大致分为野菊和菊花脑、北方药用菊花、南方药用菊花3个类群。结论ISSR分子标记适合于药用菊花的品种鉴定和遗传多样性分析。