红鳍东方鲀基因组微卫星特征分析

对河豚基因组微卫星分布特征进行研究,在约365Mb基因组序列中共找到49 647个微卫星序列,平均每隔7 351个碱基就有1个。微卫星序列长度主要分布在20～60个碱基的长度范围内。全部微卫星序列重复区长度(2 802 374bp)占整个基因组的比例为0.77%。两碱基重复类型数目最多,为35 339个,占总数的71.30%;其次是四碱基类型,6 837个,占13.77%;再次分别是三碱基类型3 548个,占7.14%,五碱基类型1 856个,占3.73%,六碱基类型1 605个,占3.23%,单碱基类型最少,共402个,占0.80%。按降序排列,出现最多的前20个微卫星重复类别为:CA,TG,GT,AC,GA,CT,TC,TA,AG,AT,TCCA,ATCC,TCTG,GATG,ATCT,CATC,TGGA,ATGG,GATA,GAG,占全部微卫星序列的75.21%。在河豚基因组中未发现GC微卫星序列的存在。与其它生物基因组中微卫星分布特征相比,河豚基因组具有更高的简洁性。本研究将为研究河豚微卫星标记、研究其群体遗传多样性,进行不同基因组的比较研究提供基础。