HGA-COFFEE:多序列比对问题的混合遗传算法求解

被引：1

作者：

刘立芳

霍红卫

王宝树

机构：

[1] 西安电子科技大学计算机学院,西安电子科技大学计算机学院,西安电子科技大学计算机学院陕西西安,陕西西安,陕西西安

来源：

四川大学学报(工程科学版) | 2005年 / 04期

关键词：

生物信息学; 多序列比对; 混合遗传算法; 动态规划;

D O I：

10.15961/j.jsuese.2005.04.024

中图分类号：

TP18 [人工智能理论];

学科分类号：

081104 ; 0812 ; 0835 ; 1405 ;

摘要：

针对生物序列分析中的多序列比对问题,设计了一个求解多序列比对问题的混合遗传算法(与之相应的软件称为HGA COFFEE),该算法采用COFFEE函数作为个体的适应度函数,构造了5种新的遗传算子,包括1种选择算子,2种交叉算子和2种变异算子,其中一种变异算子基于COFFEE的一致性信息设计,以改善算法的整体搜索能力;另一种变异算子基于动态规划方法设计,以增强其局部搜索能力。最后,通过对BAliBASE中144个测试例的测试,证明该算法是有效的,与已有的算法相比,该算法对处于朦胧区和具有N/C末端延伸的序列比对问题有更强的问题求解能力。

引用

页码：109 / 114

页数：6

共 4 条

[1]

A flexible method to align large numbers of biological sequences[J] . William R. Taylor. &nbspJournal of Molecular Evolution . 1988 (1)

[2]

The alignment of sets of sequences and the construction of phyletic trees: An integrated method[J] . P. Hogeweg,B. Hesper. &nbspJournal of Molecular Evolution . 1984 (2)

[3]

Progressive sequence alignment as a prerequisitetto correct phylogenetic trees[J] . Da-Fei Feng,Russell F. Doolittle. &nbspJournal of Molecular Evolution . 1987 (4)

[4]

生物信息学概论[M]. 北京大学出版社 , (英)Teresa.K.Attwood,(英)David.J.Parry-Smith著, 2002

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