湖北钉螺微卫星锚定PCR产物序列分析

目的分析4个种群湖北钉螺中微卫星序列及其两侧序列的特点。方法以（CA）8RY为引物对湖北钉螺基因组DNA进行微卫星锚定PCR（SSR-PCR）扩增,对全部159个扩增产物进行T克隆并测定其中82个片段的核苷酸序列。结果SSR-PCR的扩增产物是湖北钉螺基因组DNA上的散在区域,不是微卫星序列,但扩增产物中含有微卫星序列,测序的82个片段中36个克隆片段含有微卫星序列。微卫星序列其侧翼序列有一定的保守性,同一个微卫星的侧翼序列多数情况下是相同的。（GA/CT）_n、（TTAGGG/CCCTAA）_n两类微卫星在4个钉螺种群中均有发现,（CAA）_n仅在福建福清种群中发现,（TCTCTG）_n仅在安徽贵池种群中发现,（GAA/TTC）_n、（CAA/TTG）_n、（CAT）_n三种微卫星序列仅在四川普格种群中发现。结论SSR-PCR扩增的不是微卫星,其结果的分析应当类似于随机扩增多态性DNA。因此SSR-PCR不能十分有效体现微卫星作为分子标记的优势,应当根据微卫星的侧翼序列设计针对微卫星的引物,对微卫星进行PCR扩增并进行分析。