基于454测序的油茶DNA序列微卫星观察与分析

被引：29

作者：

温强 ^{[1
,2
]}

徐林初 ^{[2
]}

江香梅 ^{[2
]}

李江 ^{[2
]}

顾胤聪 ^{[1
]}

徐立安 ^{[1
]}

黄敏仁 ^{[1
]}

机构：

[1] 南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室

[2] 江西省林业科学院

来源：

林业科学 | 2013年 / 49卷 / 08期

关键词：

山茶属; 454高通量测序; 微卫星;

D O I：

暂无

中图分类号：

S794.4 [油茶];

学科分类号：

090702 [森林培育];

摘要：

采用MISA软件挖掘比较各1/4个454高通量测序反应获得的普通油茶、浙江红山茶和短柱茶EST序列及普通油茶基因组序列中的微卫星信息。结果显示:3个种的EST序列微卫星出现频率大小相近,普通油茶EST序列的微卫星出现频率高于其基因组序列的;在所有被检索序列的二至六碱基微卫星中,均以二碱基微卫星最多(>55%),并以(AG)n类型为主,但三碱基微卫星在所有EST序列中以(AAG)n类型最多,而在普通油茶基因组序列中则以(AAT)n最多;除六碱基微卫星外,二至五碱基微卫星均表现为不同微卫星重复单元的丰度随着微卫星碱基长度增加而减少。在转录组序列中,除六碱基微卫星之外,不同微卫星单元重复数的变异与重复单元长度呈负相关,推测二碱基微卫星理论多态性最高,而五碱基微卫星理论多态性最低;对在无冗余独立基因各区域中的微卫星进行统计,显示分布比例依次为3'UTR>CDS>5'UTR,在相同区域内比较,UTR区域中二碱基微卫星占总数量比例最大,CDS区域内三碱基微卫星的比例最高,此外5'UTR区域的三碱基微卫星的分布比例均高于3'UTR,初步推断5'UTR区域的微卫星相对3'UTR要保守些。

引用

页码：43 / 50

页数：8

共 19 条

[1]

油茶基因组微卫星特征分析 [J].

史洁 ;

尹佟明 ;

管宏伟 ;

戴晓港 ;

陈金慧 ;

施季森 .

南京林业大学学报(自然科学版), 2012, 36 (02) :47-51

[2]

EST-SSR标记的开发及其在木本植物中的分布特点 [J].

许玉兰 ;

蔡年辉 ;

康向阳 ;

张瑞丽 ;

王大玮 ;

何承忠 ;

段安安 .

中国农学通报 , 2012, (04) :1-7

[3]

松树、杨树及桉树表达基因序列微卫星比对分析 [J].

阎毛毛 ;

戴晓港 ;

李淑娴 ;

尹佟明 .

基因组学与应用生物学, 2011, 30 (01) :103-109

[4]

基于油茶组59万条EST序列的转录组学初步分析 [J].

陈英 ;

江香梅 ;

张露 ;

张新叶 ;

项东云 ;

温强 ;

江聪 ;

王光萍 ;

黄敏仁 ;

徐立安 .

林业科学, 2011, 47 (02) :161-163

[5]

我国油茶良种选育工作的历史回顾与展望 [J].

庄瑞林 .

林业科技开发, 2010, (06) :1-5

[6]

桉树EST序列中微卫星含量及相关特征 [J].

李淑娴 ;

张新叶 ;

王英亚 ;

尹佟明 .

植物学报, 2010, 45 (03) :363-371

[7]

银杏EST序列中微卫星的分布特征 [J].

樊洪泓 ;

李廷春 ;

李正鹏 ;

林毅 ;

蔡永萍 .

基因组学与应用生物学, 2009, 28 (05) :869-873

[8]

鹅掌楸EST-SSR引物开发及通用性分析 [J].

胥猛 ;

李火根 .

分子植物育种, 2008, (03) :615-618

[9]

Map and analysis of microsatellites in the genome of Populus: The first sequenced perennial plant.[J]..Science in China(Series C:Life Sciences).2007, 05

[10]

用EST-SSR标记对茶树种质资源的研究 [J].

金基强 ;

崔海瑞 ;

龚晓春 ;

陈文岳 ;

忻雅 .

遗传, 2007, (01) :103-108

← 1 2 →