改进的蚁群算法在2D HP模型中的应用

被引：6

作者：

何莲莲

石峰

周怀北

机构：

[1] 武汉大学数学与统计学院

[2] 武汉大学计算机科学学院湖北武汉

[3] 湖北武汉

来源：

武汉大学学报(理学版) | 2005年 / 01期

关键词：

蛋白质折叠; 格模型; 蚁群算法; 生物信息学;

D O I：

10.14188/j.1671-8836.2005.01.008

中图分类号：

O241 [数值分析];

学科分类号：

070102 ;

摘要：

针对蛋白质二维格模型(2D HP)折叠问题提出了一种改进的蚁群算法(Ant Colony Optimization Al gorithm),在算法的搜索阶段采用了牵引移动(pull moves)的方法:首先按照一定规则移动一个或两个顶点的位置,然后将其他顶点沿着链依次向前移动两个位置,一旦达到一个新的有效构象则停止该移动.该方法的优点是大多数移动只需改变很少的顶点位置,使得改进后的蚁群算法具有较快的收敛速度.求解基准实例的结果表明,该算法在保证解的质量的前提下能大大缩短计算时间.

引用

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