创新是推动技术进步的关键因素,创新效率是企业创新投入和成果转化的重要衡量标准,研究融资结构对企业创新效率的影响,有利于企业做好融资决策。文章以创业板民营企业为样本,运用DEA模型计算民营企业2014—2015年的数据,研究内源融资、债务融资和股权融资对公司创新效率的影响,并将创新效率分组,探寻不同创新效率与融资结构的关系。实证结果表明:内源融资和债务融资对创业板民营企业的创新效率有显著促进作用,股权融资与创新效率显著负相关;高效率企业的三种融资方式均有利于企业创新效率的提升,而低效率企业的三种融资方式皆与其创新效率显著负相关。