孙女设计中标记密度对QTL定位精确性的影响

采用蒙特卡罗方法分析了在孙女设计中不同的群体结构、性状遗传力、QTL效应大小和QTL在染色体上的位置等各个因素不同水平组合下4种标记密度（标记间隔5cM，10cM，20cM和50cM）对QTL定位精确性（以均方误MSE为衡量指标）的影响，并从经济学角度探讨了应用于标记辅助选择（MAS）的QTL定位的最佳标记密度。结果表明，一般说来，在各因素水平都较低时，MSE随标记密度加大而下降的相对幅度也较小；反之，在各因素的水平都较高时，MSE随标记密度加大而下降的相对幅度也较大。当样本含量达到一定水平时（如40个家系，每个家系100个儿子），或当QTL效应达到一个较高水平时（如QTL方差占加性遗传方差的50％），MSE随标记密度加大而下降的幅度几乎不受其他因素的影响，始终保持一个较高的水平（95％左右）。对于MAS可获得的最佳经济效益来说，在不同的各因素水平组合下QTL定位的最佳标记间隔分别为5cM（小样本、大QTL，或中等样本、中等遗传力和QTL，或大样本、小QTL）、10cM（中等样本、高遗传力或大QTL，或大样本、中等遗传力和QTL）和20cM（大样本、高遗传力或大QTL）。