传统中药数据库中HIV-1蛋白酶抑制剂计算机虚拟筛选

被引：12

作者：

史海龙

赵云飞

陈哲

机构：

[1] 陕西中医药大学

来源：

辽宁中医药大学学报 | 2016年 / 18卷 / 10期

关键词：

HIV-1蛋白酶抑制剂; 虚拟筛选; 传统中药;

D O I：

10.13194/j.issn.1673-842x.2016.10.022

中图分类号：

R28 [中药学]; TP311.13 [];

学科分类号：

100810 [分子生药学];

摘要：

目的:运用计算机虚拟筛选技术从传统中药数据库(TCMSP)中快速搜索HIV-1蛋白酶(Protease,PR)的中药小分子抑制剂。方法:采用Scripps研究所的Auto Dock Vina软件,对蛋白质晶体结构数据库PDB中PR与小分子抑制剂沙奎那韦(Saquinavir)形成的复合物(PDB代码:1HXB)三维结构活性部位进行分析,基于传统中药配体库进行分子对接初次筛选。综合运用传统中药系统药理学数据库及分析平台TCMSP及Accelrys公司开发的Discovery Studio 2.5分子模拟软件包内TOPKAT模块计算药代动力学参数和毒性预测对分子对接结果进行2次筛选。结果:以原配体(沙奎那韦)为阳性对照,筛选出传统中药库TCMSP中2个类药性良好的化学成分与PR亲和力高于上市的抗艾滋病药物沙奎那韦的天然小分子化合物,并且确定了它们的中草药来源。结论:该研究结果可促进从传统中药库中提取、设计以及实验合成新的抗艾滋病药物。

引用

页码：73 / 78

页数：6

共 3 条

[1]

TCMSP: a database of systems pharmacology for drug discovery from herbal medicines..[J].Jinlong Ru;Peng Li;Jinan Wang;Wei Zhou;Bohui Li;Chao Huang;Pidong Li;Zihu Guo;Weiyang Tao;Yinfeng Yang;Xue Xu;Yan Li;Yonghua Wang;Ling Yang.J. Cheminformatics.2014, 1

[2]

AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function; efficient optimization; and multithreading.[J].OlegTrott;Arthur J.Olson.J. Comput. Chem..2009, 2

[3]

Structural and biochemical studies of retroviral proteases.[J].Alexander Wlodawer;Alla Gustchina.Biochimica et Biophysica Acta (BBA)/Protein Structure and Molecular Enzymology.2000, 1

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