20世纪 6 0年代 ,生物大致分为 5界的谱系图 ,经历了几次翻新 ,开始提出了线粒体和叶绿体的内共生学说。由于分子生物学的发展 ,首先将各种生物的蛋白质的分子进行比较 ,构建成蛋白质的分子系统树。再转向核糖核酸 ,将核糖体的小亚单位 ,作为区别生命类型之间亲缘关系的指标。发现有些嗜极端条件的细菌 ,它们不同于原核生物也不同于真核生物 ,是第三种类型的生命形式。因此 ,在 80年代为生命建立了细菌、古细菌和真核生物三界的系统树。对许许多多单个基因的系统树的分析 ,又使人们认识到 ,古细菌与细菌和真核微生物之间以及各个物种之间 ,显然皆发生过大量的基因交换。对单细胞进化来说 ,基因除垂直传递外 ,横向的或叫侧向的基因转移也十分繁多。在一张完全的系统图中 ,要同时表现几千个不同的基因家族的超联结的种系型式才符合实际。因而 ,最新版本的系统树是分枝交缠、无主干的。