2007~2008年对洪泽湖水生植物的种群、分布、生物量等进行了1次全湖调查和4次补充调查。结果表明,洪泽湖现有水生植物15科25种,马来眼子菜、芦苇、荇菜为优势种;共有5个主要的植被类型,分别是芦苇群丛、荇菜群丛、马来眼子菜群丛、荇菜+马来眼子菜群丛、荇菜+苦草群丛;植物在整个水域的分布表现为沿湖岸向湖心3.5km范围内呈明显带状分布格局,但在此范围外的水域,分布格局呈不规则的斑块状;水生植物生物量和多样性与TN呈负相关关系。从1953年三河闸建成以来,水生植物种类减少,种群开始向单一化发展,某些对水质敏感的种类逐渐减少甚至消失;1993~2008年,洪泽湖水生植被面积减少375.16km2;水利工程修建、营养负荷增加和围网养殖过度发展是导致水生植物种群变化的最主要因素。