荧光定量PCR检测细菌染色体上基因拷贝数

目的建立一种以细菌染色体上1个已知拷贝管家基因作为基准、通过荧光定量PCR 检测其他被检基因拷贝数的方法。方法利用荧光定量PCR检测El Tor型霍乱弧菌染色体上目的基因zot与基准基因thyA的Ct(threshold cycle)值差值,根据已知拷贝数菌株N16961的两基因Ct值之差来推算待测菌株中zot基因的拷贝数。结果利用thyA基因作参照,确定11株El Tor型霍乱弧菌中 zot基因的拷贝数在1-5个之间,对较少拷贝数的检测与Southern blot确认的相同,对多拷贝数检测优于Southern blot的判定。结论本方法可以准确检测菌株染色体上的基因拷贝数。