表达谱基因芯片的可靠性验证分析

被引：9

作者：

罗瑶

许宏

李瑶

韩志勇

裘敏燕

陈沁

刘三震

倪胜

谢毅

毛裕民

机构：

[1] 复旦大学生命科学院遗传所遗传工程国家重点实验室,联合基因科技(集团)有限公司,复旦大学生命科学院遗传所遗传工程国家重点实验室,联合基因科技(集团)有限公司,联合基因科技(集团)有限公司,联合基因科技(集团)有限公司,联合基因科技(集团)有限公司,联合基因科技(集团)有限公司,复旦大学生命科学院遗传所遗传工程国家重点实验室,复旦大学生命科学院遗传所遗传工程国家重点实验室上海,上海,上海,上海,上海,上海,上海,上海,上海,上海

来源：

遗传学报 | 2003年 / 07期

关键词：

基因; 基因芯片; 表达谱; 可靠性分析;

D O I：

暂无

中图分类号：

Q789 [基因工程的应用];

学科分类号：

071007 ; 0836 ; 090102 ;

摘要：

cDNA芯片是一项新兴的能评估检测全范围mRNA表达水平变化的技术。通过同种组织RNA自身比较实验及不同组织RNA的差异分析实验对cDNA芯片实验的重复性进行检验 ,利用相关系数 (correlationcoefficient,R)、变异系数 (coefficientofvariation ,CV)和假阳性率 (falsepositiverate,FPR)分析cDNA芯片数据的可靠程度 ,对cDNA芯片实验数据作了整体的评估。结果证实 ,该芯片系统得到的cDNA表达谱数据相关系数一般大于 0 9,平均变异系数 15 %左右 ,假阳性率控制在 3%以内。还提出一致率 (consistencerate,CR)的概念 ,作为衡量cDNA芯片系统重复性的新参数 ,同时阐述了该参数优于目前常用的相关系数及变异系数的特点。另外 ,通过比较芯片制备中点样浓度、mRNA和总RNA以及不同批次芯片和不同标记过程对实验的影响 ,来分析芯片数据的系统误差来源。并提出重复两次实验 ,可以克服绝大部分实验系统引入的假阳性

引用

页码：611 / 618

页数：8

共 1 条

[1] 用基因表达谱芯片研究人正常肝和肝细胞癌中差异表达的基因 [J].