以2011—2019年我国内地30个省市为研究对象,运用超效率SBM-Malmquist模型对各省市科技创新效率进行测算,结果表明,我国科技创新效率总体水平提升显著,受技术进步效率影响更大;地区分布上呈东部地区>西部地区>中部地区的特征,且各区域之间差异较大。进一步通过Tobit模型对影响科技创新效率的因素进行回归,发现政府对科技创新的支持、经济发展水平、科技基础设施投入和科技认知程度对科技创新效率的作用具有较强的区域异质性,通过解析导致各影响因素作用方向与程度差异的内在原因,发现我国科技创新发展中存在较严重的资源配置和管理问题。为推进我国科技创新发展,仍需要从资金投入、人才管理、成果转化、产权保护和科技监管等方面发力。